Pronipote del più famoso Michelangelo Buonarroti, Michelangelo detto il Giovane era figlio di Leonardo di Buonarroto Buonarroti Simoni (figlio del fratello minore di Michelangelo il Vecchio) e di Cassandra di Donato di Vincenzio Ridolfi. Non si conosce il giorno esatto della nascita; fu battezzato il 4 novembre 1568.
Si sa poco della sua prima educazione. Si sa però che a diciotto anni (1584) aveva già composto dei versi di gusto petrarchesco e che l'anno successivo entrava nella prestigiosa Accademia Fiorentina.
Fra il 1586 e il 1591 frequentò l'Università di Pisa. Vi conobbe Galileo Galilei, che vi insegnava matematiche, e vi frequentò Maffeo Barberini, il futuro papa Urbano VIII, che conosceva dall'infanzia e con il quale a Pisa addirittura condivideva la stanza. Nel 1590 amò Tedda da Scorno, che morì nel 1591. Intanto era entrato nell'Accademia della Crusca (1589) con il nome di Impastato, cominciando nel 1591 a collaborare alla prima redazione del Vocabolario, che sarà pubblicata nel 1612.
Tornato a Firenze, comincia ad affermarsi come accademico e poeta, stringendo importanti amicizie: Piero de' Bardi, conte di Vernio, Jacopo Soldani, Niccolò Arrighetti, Mario Guiducci, Camillo Della Gherardesca, con i quali fonda l'accademia dei Pastori Antellesi, nell'ambito della quale compone il "Racconto o novella dei Pastori Antellesi" e la Favola di Antilla e Mompello. Il 3 agosto 1594, durante uno "stravizzo" della Crusca, legge la Cicalata sopra il Ferragosto. Nel 1595 si stampa la Divina Commedia curata dalla Crusca, cui Michelangelo ha collaborato. Il successo accademico è coronato nel 1596 con l'elezione ad arciconsolo della Crusca e con il suo accoglimento nell'Accademia del Disegno (1598).
Nel 1600 a corte si festeggiano le nozze fra Maria de' Medici ed Enrico IV di Navarra, re di Francia. Michelangelo è incaricato di redigerne, secondo l'uso, una Descrizione da divulgare a stampa. Questo incarico ufficiale segna il suo ingresso a corte con un ruolo quasi di poeta cesareo e con speciali competenze nel campo degli spettacoli. Viene più volte incaricato di comporre "invenzioni" per mascherate, giostre, intermezzi, esecuzioni musicali, befanate, esibizioni cavalleresche, scene di carnevale. Nel 1605 gli viene commissionata la favola pastorale per musica Il natal d'Ercole, rappresentata e subito pubblicata. Per le nozze di Cosimo de' Medici, principe ereditario, con Maria Maddalena d'Austria, è incaricato di comporre la favola musicale Il giudizio di Paride, anch'esso immediatamente rappresentato a Palazzo Pitti e stampato. Nel 1611, nel casino di don Antonio de' Medici, si rappresenta La Tancia, commedia rusticale, che è probabilmente la sua opera più famosa.[12] L'11 febbraio 1614 a Pitti si mette in scena Il passatempocon il Balletto della Cortesia, danzato da granduchi insieme a sei cavalieri e sei dame. In questo periodo ebbe una relazione amorosa con la cantante e musicista Francesca Caccini.
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